PowerShell からFHIR データに接続してデータの取得・CSV エクスポートを実行する方法

こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。

CData Cmdlets for FHIR を使えば、PowerShell からFHIR に手軽に連携して、データのCRUD やエクスポートを実行できます。

本記事では、FHIR への接続方法からCSV エクスポート、データの操作までサンプルコード付きで解説していきます。

FHIR への接続を設定

それでは、まずはFHIR への接続設定からはじめていきましょう。接続設定にはCData FHIR Cmdlets が必要となります。右側のサイドバーから製品の全機能が使える30日間の無償トライアルがダウンロードできるので、ぜひご利用ください。

インストールが完了したら、プロファイルに以下の行を追加してください。次のPowerShell セッションでモジュールがロードされます。

    Import-Module FHIRCmdlets;

Connect-FHIR コマンドを使ってFHIR との接続を設定します。各接続プロパティの取得方法は次に説明します。

    $conn = Connect-FHIR  -URL "$URL" -ConnectionType "$ConnectionType" -ContentType "$ContentType" -AuthScheme "$AuthScheme"

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

これで接続設定は完了です。

FHIR データを取得してCSV にパイプライン

接続が完了したので、Patient テーブルデータを取得して結果をCSV ファイルにエクスポートします。

Select-FHIR -Connection $conn -Table Patient | Select -Property * -ExcludeProperty Connection,Table,Columns | Export-Csv -Path c:\myPatientData.csv -NoTypeInformation

このコードでは、Select-FHIR から取得した結果をSelect-Object に流して、Export-Csv に渡す前にいくつかのプロパティを除外しています。これは、CData Cmdlets が接続情報、テーブル、およびカラム情報を結果セットのそれぞれの行に挿入するためです。それらの情報を表示したくない場合に、Export-Csv コマンドに渡す前に除外を先に行い、そのあとでCSV ファイルにエクスポートします。

おわりに

このように、CData Cmdlets を使えばPowerShell でのFHIR データへの連携をシンプルに実現できます。ぜひCData PowerShell Cmdlets の30日間無償トライアルをダウンロードして、シンプルかつパワフルなデータ連携をお試しください。