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CData Sync

MongoDB へのFHIR データのETL パイプラインを作ってデータを統合する方法

データパイプラインツールのCData Sync を使って、FHIR データのMongoDB へのETL パイプラインをノーコードで作成してデータを統合する方法を解説します。

宮本航太
プロダクトスペシャリスト

最終更新日:2024-01-19
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CData

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MongoDB ロゴ

こんにちは!プロダクトスペシャリストの宮本です。

CData Sync は、数百のSaaS / DB のデータをMongoDB をはじめとする各種DB / データウェアハウスにノーコードで統合・レプリケーション(複製)が可能なデータパイプラインツールです。本記事では、FHIR データをCData Sync を使ってMongoDB に統合するデータパイプラインを作っていきます。MongoDB は、オンプレミスのMongoDB のほかクラウド上のMongoDB にもレプリケーションが可能です。

CData Sync とは?

CData Sync は、レポーティング、アナリティクス、機械学習、AI などで使えるよう、社内のデータを一か所に統合して管理できるデータ基盤をノーコードで構築できるETL ツールで、以下の特徴を持っています。

  1. FHIR をはじめとする数百種類のSaaS / DB データに対応
  2. MongoDB など多くのRDB、データレイク、データストア、データウェアハウスに同期可能
  3. 業務データのデータ分析基盤へのETL / ELT 機能に特化し、極限まで設定操作をシンプルに
  4. 主要なSaaS データの差分更新やCDC(Change Data Capture、変更データキャプチャ)のサポート
  5. フレキシブルなSQL での取得データの操作

CData Sync では、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.同期先としてMongoDB の接続を設定、3.FHIR からMongoDB へのレプリケーションジョブの作成、という3つのステップだけでレプリケーション処理を作成可能です。以下に具体的な設定手順を説明します。

1.データソースとしてFHIR の接続を設定

まずはじめに、CData Sync のブラウザ管理コンソールにログインします。CData Sync のインストールをまだ行っていない方は本記事の製品リンクからCData Sync をクリックして、30日の無償トライアルとしてCData Sync をインストールしてください。インストール後にCData Sync が起動して、ブラウザ設定画面が開きます。

それでは、データソース側にFHIR を設定していきましょう。左の[接続]タブをクリックします。

  1. [+接続の追加]ボタンをクリックします。 コネクションの追加。
  2. [データソース]タブを選択して、リスト表示されるデータソースを選ぶか、検索バーにデータソース名を入力して、FHIR を見つけます。
  3. FHIR の右側の[→]をクリックして、FHIR アカウントへの接続画面を開きます。もし、FHIR のコネクタがデフォルトでCData Sync にインストールされていない場合には、ダウンロードアイコン(コネクタのアップロードアイコン)をクリックし、[ダウンロード]をクリックすると、CData Sync にコネクタがインストールされます。 データソースの追加。
  4. 接続プロパティにFHIR に接続するアカウント情報を入力をします。

    URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

    汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

    Service Base URL のサンプル

    • 汎用:http://my_fhir_server/r4b/
    • Azure:https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
    • AWS:https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
    • Google:https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

    汎用FHIR インスタンス

    CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います(OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください)。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionTypeGenericに設定する必要があります。

    データソースの追加。
  5. [作成およびテスト]をクリックして、正しくFHIR に接続できているかをテストして保存します。これでレプリケーションのデータソースとしてFHIR への接続が設定されました。

2.同期先としてMongoDB の接続を設定

次に、FHIR データを書き込む先(=同期先)として、MongoDB を設定します。同じく[接続]タブを開きます。

  1. [+接続の追加]ボタンをクリックします。
  2. [同期先]タブを選択して、リスト表示されるデータソースを選ぶか、検索バーにデータソース名を入力して、MongoDB を見つけます。
  3. MongoDB の右側の[→]をクリックして、MongoDB データベースへの接続画面を開きます。もし、MongoDB のコネクタがデフォルトでCData Sync にインストールされていない場合には、ダウンロードアイコン(コネクタのアップロードアイコン)をクリックし、[ダウンロード]をクリックすると、CData Sync にコネクタがインストールされます。 MongoDB をDestination に選択
  4. 必要な接続プロパティを入力します。MongoDB との接続には、以下のプロパティが必要です:
    • Server: MongoDB インスタンスのname もしくはaddress に設定します。port はPort で設定します。
    • Database: 書き込みをするデータベース名。

    CosmosDB にMongoDB API で接続する

    MongoDB API 利用のCosmos DB に接続する接続文字列を取得するには、Azure Portal にログインし、Azure Cosmos DB を選択して、アカウントを選びます。[Setting]セクションから[Connection String]をクリックして、次の値を取得します。

    • Server: Host 値、アカウントのサーバープロビジョンのFQDN 値に設定します。port はPort で設定します。
    • Port: port に設定します。
    • Database: データを書き込むデータベース。
    • User: データベースのuser。
    • Password: ユーザーのpassward。

  5. [作成およびテスト]をクリックして、正しく接続できているかをテストします。 同期先接続のテスト。
  6. これで同期先としてMongoDB を設定できました。CData Sync では、MongoDB のデータベース名を指定するだけで、同期するFHIR に併せたテーブルスキーマを自動的にCREATE TABLE してくれます。同期データに合わせたテーブルを事前に作成するなどの面倒な手順は必要ありません。もちろん、既存テーブルにマッピングを行いデータ同期を行うことも可能です。

3.FHIR からMongoDB へのレプリケーションジョブの作成

CData Sync では、レプリケーションをジョブ単位で設定します。ジョブは、FHIR からMongoDB という単位で設定し、複数のテーブルを含むことができます。レプリケーションジョブ設定には、[ジョブ]タブに進み、[+ジョブを追加]ボタンをクリックします。 ジョブの追加Salesforce の例)。

[ジョブを追加]画面が開き、以下を入力します:

  1. 名前:ジョブの名前
  2. データソース:ドロップダウンリストから先に設定したFHIR を選択
  3. 同期先:先に設定したMongoDB を選択
データソースの設定Salesforce の例)。

すべてのオブジェクトをレプリケーションする場合

FHIR のすべてのオブジェクト / テーブルをレプリケーションするには、[種類]セクションで[すべて同期]を選択して、[ジョブを追加]ボタンで確定します。

作成したジョブ画面で、右上の[▷実行]ボタンをクリックするだけで、全FHIR テーブルのMongoDB への同期を行うことができます。

オブジェクトを選択してレプリケーションする場合

FHIR から特定のオブジェクト / テーブルを選択してレプリケーションを行うことが可能です。[種類]セクションでは、[標準(個別設定)]を選んでください。

次に[ジョブ]画面で、[タスク]タブをクリックし、[タスクを追加]ボタンをクリックします。 ジョブへのタスク追加Salesforce の例)。

するとCData Sync で利用可能なオブジェクト / テーブルのリストが表示されるので、レプリケーションを行うオブジェクトにチェックを付けます(複数選択可)。[ジョブを追加]ボタンで確定します。

タスク選択(Salesforce の例)。

作成したジョブ画面で、[▷実行]ボタンをクリックして(もしくは各タスク毎の実行ボタンを押して)、レプリケーションジョブを実行します。 作成したジョブの実行(Salesforce の例)。

このようにとても簡単にFHIR からMongoDB への同期を行うことができました。

CData Sync の主要な機能を試してみる:スケジューリング・差分更新・ETL

ジョブのスケジュール起動設定

CData Sync では、同期ジョブを1日に1回や15分に1回などのスケジュール起動をすることができます。ジョブ画面の[概要]タブから[スケジュール]パネルを選び、[⚙設定]ボタンをクリックします。[間隔]と同期時間の[毎時何分]を設定し、[保存]を押して設定を完了します。これでCData Sync が同期ジョブをスケジュール実行してくれます。ユーザーはダッシュボードで同期ジョブの状態をチェックするだけです。 スケジュール実行設定。

差分更新

CData Sync では、主要なデータソースでは、差分更新が可能です。差分更新では、最後のジョブ実行時からデータソース側でデータの追加・変更があったデータだけを同期するので、レプリケーションのクエリ・通信のコストを圧倒的に抑えることが可能です。

差分更新を有効化するには、ジョブの[概要]タブから「差分更新」パネルを選び、[⚙設定]ボタンをクリックします。[開始日]と[レプリケーション間隔]を設定して、[保存]します。

SQL での取得データのカスタマイズ

CData Sync は、デフォルトではFHIR のオブジェクト / テーブルをそのままMongoDB に複製しますが、ここにSQL、またはdbt 連携でのETL 処理を組み込むことができます。テーブルカラムが多すぎる場合や、データ管理の観点から一部のカラムだけをレプリケーションしたり、さらにデータの絞り込み(フィルタリング)をしたデータだけをレプリケーションすることが可能です。

ジョブの[概要]タブ、[タスク]タブへと進みます。選択されたタスク(テーブル)の[▶]の左側のメニューをクリックし、[編集]を選びます。タスクの編集画面が開きます。

UI からカラムを選択する場合には、[カラム]タブから[マッピング編集]をクリックします。レプリケーションで使用しないカラムからチェックを外します。

SQL を記述して、フィルタリングなどのカスタマイズを行うには、[クエリ]タブをクリックし、REPLICATE [テーブル名]の後に標準SQL でフィルタリングを行います。 レプリケーションのカスタマイズ設定。

FHIR からMongoDB へのデータ同期には、ぜひCData Sync をご利用ください

このようにノーコードで簡単にFHIR データをMongoDB にレプリケーションできます。データ分析、AI やノーコードツールからのデータ利用などさまざまな用途でCData Sync をご利用いただけます。30日の無償トライアルで、シンプルでパワフルなデータパイプラインを体感してください。

日本のユーザー向けにCData Sync は、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。

CData Sync の 導入事例を併せてご覧ください。

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