DBeaver からFHIR データに連携して可視化する方法とは？

こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。

CData JDBC Driver for FHIR は、IDE からBI ツールまで、サードパーティーツールからFHIR データの読み書きを可能にするJDBC 標準を提供します。本記事では、DBeaver のウィザードを使ってFHIR データに接続し、GUI 上でデータを参照する方法を紹介します。

CData JDBC ドライバとは？

CData JDBC ドライバは、以下の特徴を持ったリアルタイムデータ接続ツールです。

1. FHIR をはじめとする、CRM、MA、グループウェア、広告、会計ツールなど多様な270種類以上のSaaS / DB に対応
2. DBeaver を含む多様なアプリケーション、ツールにFHIR データを連携
3. ノーコードでの手軽な接続設定
4. 標準 SQL での柔軟なデータ読み込み・書き込み

CData JDBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.DBeaver 側でJDBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。

CData JDBC ドライバのインストールとFHIR への接続設定

まずは、本記事右側のサイドバーからFHIR JDBC Driver の無償トライアルをダウンロード・インストールしてください。30日間無償で、製品版の全機能が使用できます。

次に、以下の手順でDBeaver にドライバーのJAR ファイルをロードします。

1. DBeaver アプリケーションを開き、「データベース」メニューの「ドライバーマネジャー」オプションを選択します。「新規」をクリックして「新しいドライバを作成する」フォームを開きます。
2. 設定タブで：
   • ドライバ名をわかりやすい名前に設定します（例：CData JDBC Driver for FHIR）。
   • クラス名をJDBC ドライバーのクラス名「cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver」に設定します。
   • URL テンプレートをjdbc:fhir: に設定します。
3. ライブラリタブで「ファイルを追加」をクリックし、インストールディレクトリ（C:\Program Files\CData\CData JDBC Driver for FHIR XXXX\）の「lib」フォルダに移動してJAR ファイル（cdata.jdbc.FHIR.jar）を選択します。

FHIR データの接続を作成

以下の手順で、認証情報およびその他の必要な接続プロパティを追加します。

1. 「データベース」メニューで、「新しい接続」をクリックします。
2. 表示される「新しい接続を作成する」 ウィザードで、先ほど作成したドライバー（例：CData JDBC Driver for FHIR）を選択し、「次へ >」をクリックします。
3. 設定ウィザードの一般タブで、以下を参考に必要な接続プロパティを使用してJDBC URL を設定します。

   URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

   汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

   Service Base URL のサンプル

   • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
   • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
   • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
   • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

   汎用FHIR インスタンス

   CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

   組み込みの接続文字列デザイナー

   JDBC URL の作成の補助として、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーが使用できます。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインからjar ファイルを実行します。

   java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

   接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

   一般的な接続文字列：

   jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
4. 「テスト接続」をクリックして、接続が正しく設定されていることを確認します。
5. 「終了」をクリックします。

FHIR データにクエリを実行

これで、接続できたことで公開されたテーブルのデータにクエリを実行できるようになりました。テーブルを右クリックし、「ビュー表」をクリックします。「データ」タブでデータを確認できます。

おわりに