SpagoBI でFHIR に連携

こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。

CData JDBC Driver for FHIR はJDBC 標準をサポートするビジネスインテリジェンスおよびデータマイニングツールからリアルタイムFHIR に接続することを可能にします。この記事では、FHIR をSpagoBI Studio のレポートに統合し、SpagoBI サーバーでホストする方法を説明します。

SpagoBI サーバーのJDBC ドライバーをデプロイ

以下のステップに従ってSpagoBI サーバーでJDBC data source for FHIR を作成します。

1. ドライバーJAR を%CATALINA_BASE%/lib にコピーします。これらのファイルは、インストールディレクトリのlib サブフォルダにあります。

2. FHIR ドライバーリソースをコンテクストに追加します。以下のリソース定義をserver.xml の［GlobalNamingResources］要素に追加できます。 <Resource name="jdbc/fhir" auth="Container" type="javax.sql.DataSource" driverclassname="cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver" factory="org.apache.tomcat.jdbc.pool.DataSourceFactory" maxactive="20" maxidle="10" maxwait="-1"/>

3. 以下のリソースリンクを追加し、Web アプリケーションへのアクセスを許可します。この記事では、SpagoBI のMETA-INF\context.xml に次の行を追加します。 <ResourceLink global="jdbc/fhir" name="jdbc/fhir" type="javax.sql.DataSource"/>
4. サーバーを再起動します。

SpagoBI サーバーのリソースにドライバーを追加した後、データソースを追加します。SpagoBIで［Resources］->［Data Source］->［Add］と進み、以下の情報を入力します。

• Label:ドライバーに独特の識別子を入力します。
• Description:ドライバーにディスクリプションを入力します。
• Dialect:デフォルトの方言を選択します。
• Read Only:読み取り専用オプションを選択します。このオプションは、データソースがエンドユーザーによって作成された、データセットを保存するためのデフォルトデータベースであるかどうかを決定します。
• Type:［JDBC］を選択します。
• URL:
• 必要な接続文字列プロパティを使用してJDBC URLを入力します。

  URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

  汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

  Service Base URL のサンプル

  • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
  • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
  • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
  • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

  汎用FHIR インスタンス

  CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

  ビルトイン接続文字列デザイナ

  JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナを使用してください。JAR ファイルのダブルクリック、またはコマンドラインからJAR ファイルを実行します。

  java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

  接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

  

  以下は一般的なJDBC URL です。

  jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
• Driver:ドライバーのクラス名にcdata.jdbc.fhir.FHIRDriver を入力します。

SpagoBI Studio でレポートを作成

以下のステップに従い、SpagoBI StudioでFHIR に基づいたレポートを作成します。SQL クエリの結果をチャートに挿入するデータセットを作成します。次のセクションでは、このレポートをSpagoBI サーバーでホストします。

初めに、SpagoBI Studio のレポートからFHIR に接続してください。

1. SpagoBI Studio で、［File］->［New］->［Project］とクリックしていき、［Business Intelligence and Reporting Tools］フォルダで［Report Project］を選択します。
2. ［File］->［New］->［Report］と進み、［Blank Report］を選択します。
3. ［Data Explorer］ビューで［Data Sources］を右クリックし、［New Data Source］をクリックします。
4. ［JDBC Data Source］を選択し、データソース名を入力します。
5. ［Manage Drivers］をクリックし、［Add］をクリックしてドライバーJAR(cdata.jdbc.fhir.jar) を追加します。
6. ドライバーJAR　は、インストールディレクトリのlib サブフォルダにあります。
7. ［Driver Class］メニューでドライバークラス(cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver)を選択します。
8. ［Database URL］ボックスに、［JDBC URL］を入力します。以下は一般的な接続文字列です。 jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None; 必要な接続プロパティを取得するためのガイドについては、ドライバーヘルプの［Getting Started］チャプターを見てください。

FHIR に接続した後、SQL クエリの結果を含むデータセットを作成します。

1. ［DataSet］フォルダを右クリックし、［New Data Set］をクリックします。JDBC data source for FHIR を選択し、データセットの名称を入力します。
2. SQL クエリを構築します。ここでは、このクエリを使用してダッシュボードにチャートを追加します。例： SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'

データセットを使用して、レポートオブジェクトにデータを入力できます。以下のステップに従って、チャートを作成します。

1. ［Palette］ビューで、チャートをキャンバスにドラッグします。
2. ［Select Chart Type］タブで棒グラフを選択します。
3. ［Select Data］タブで［Use Data From］オプションをクリックし、メニューからFHIR のデータセットを選択します。
4. Id をテーブルからx 軸の系列にドラッグします。
5. [name-use] をテーブルからy 軸の系列にドラッグします。

SpagoBI サーバーに関するホストFHIR レポート

以下のステップに従って、SpagoBI サーバーでリアルタイムFHIR に基づいてドキュメントをホストできます。前のセクションで作成したレポートをテンプレートとして使用します。レポートユーザーがリアルタイムデータにアクセスできるようにするには、サーバー上のFHIR JDBC データソースに置き換えられるプレースホルダパラメータを作成します。

1. 未実行の場合、SpagoBI Studio で［Report Design］パースペクティブで開きます。
2. ［Data Explorer］ビューで［Report Parameters］フォルダを右クリックし、［New Parameter］をクリックします。url パラメータを追加し、それに空の値を割り当てます。このパラメータはSpagoBI サーバー上のJDBC データソースのプレースホルダです。
3. FHIR のデータソースを右クリックし、［Edit］をクリックします。

4. ［Property Binding］ノードで、JDBC Driver のURL バインディングプロパティurl パラメータに設定します。プロパティのボックスをクリックします。［Category］セクションで［Report Parameters］を選択します。［Subcategory］セクションで［All］を選択し、パラメータをダブルクリックします。

   JavaScript構文に以下のように入力することもできます。

   params["url"].value

続いて、SpagoBI サーバーでレポート用の新しいドキュメントを作成します。

1. SpagoBI サーバーで、［Documents Development］->［Create Document］->［Generic Document］と進みます。［Document Details］ページが表示されます。
2. 以下の情報を入力し、ドキュメントを作成します。
   • Label:ドキュメントに独自の識別子を入力します。
   • Name:ドキュメントのわかりやすい名前を入力します。
   • Type:メニューから［Report］を選択します。
   • Engine:［BIRT Report Engine］を選択します。
   • Data Source:SpagoBI サーバーのCreate a JDBC Data Source for FHIR で作成したFHIR Data Source を選択します。
3. ［Show Document Templates］セクションで、ドキュメントを格納したいフォルダを選択します。

4. ［Template］セクションで、［Choose File］をクリックします。レポートプロジェクトを含むフォルダに移動します。.rptdesign ファイルを選択します。

   Noteプロジェクトへのパスは、プロジェクトプロパティで確認できます。

5. ［Save］ボタンをクリックします。

サーバーでレポートを実行すると、プレースホルダurl パラメータがサーバーで定義されたJDBC URL に置き換えられます。