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FHIR ODBC ドライバーは、ODBC 接続をサポートする任意のアプリケーションからリアルタイムなFHIR アカウントデータに直接接続できるパワフルなツールです。標準のODBC ドライバーインタフェースを使用して、データベースのようにFHIR データにアクセスし、読み、書き、更新を実行できます。

PyCharm でCData ODBC Driver を使ってFHIR に接続

CData ODBC Driver を使用して、ODBC データソースとしてPyCharm からFHIR に接続します。

古川えりか
コンテンツスペシャリスト

最終更新日:2022-03-14
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CData

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PyCharm ロゴ

こんにちは!ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。

CData ODBC Drivers は、ODBC ドライバーをサポートするあらゆる環境から利用可能です。本記事では、PyCharm からのCData ODBC Driver for FHIR の利用を説明します。CData ODBC Deriver をデータソースとして設定する方法、データソースをクエリして結果を表示するためのPyCharm の簡単なコードを含みます。

はじめに、このチュートリアルではCData ODBC Driver for FHIR とPyCharm が、既にインストールされていることを前提としています。

Pyodbc をプロジェクトに追加

以下のステップに従って、pyodbc モジュールをプロジェクトに追加します。

  1. File]->[Settings]とクリックして[project settings]ウィンドウを開きます。
  2. Project: YourProjectName]メニューから[Project Interpreter]をクリックします。
  3. pyodbc を追加するため、+ ボタンをクリックしてpyodbc と入力します。
  4. Install Package]をクリックしてpyodbc をインストールします。

CData ODBC ドライバとは?

CData ODBC ドライバは、以下のような特徴を持ったリアルタイムデータ連携ソリューションです。

  1. FHIR をはじめとする、CRM、MA、会計ツールなど多様なカテゴリの270種類以上のSaaS / オンプレミスデータソースに対応
  2. 多様なアプリケーション、ツールにFHIR データを連携
  3. ノーコードでの手軽な接続設定
  4. 標準 SQL での柔軟なデータ読み込み・書き込み

CData ODBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.PyCharm 側でODBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。

CData ODBC ドライバのインストールとFHIR への接続設定

まずは、本記事右側のサイドバーからFHIR ODBC Driver の無償トライアルをダウンロード・インストールしてください。30日間無償で、製品版の全機能が使用できます。

これで、ODBC 接続文字列またはDSN で接続できます。お客様のOS でDSN を作成するためのガイドについては、CData ドライバードキュメントの[はじめに]セクションを参照してください。

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

  • 汎用:http://my_fhir_server/r4b/
  • Azure:https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
  • AWS:https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
  • Google:https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います(OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください)。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionTypeGenericに設定する必要があります。

以下はDSN の構文です。

[CData FHIR Source] Driver = CData ODBC Driver for FHIR Description = My Description URL = http://test.fhir.org/r4b/ ConnectionType = Generic ContentType = JSON AuthScheme = None

FHIR へのクエリの実行

Cursor をインスタンス化し、Cursor クラスのexecute メソッドを使用してSQL ステートメントを実行します。

import pyodbc cnxn = pyodbc.connect('DRIVER={CData ODBC Driver for FHIR};URL = http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType = Generic;ContentType = JSON;AuthScheme = None;') cursor = cnxn.cursor() cursor.execute("SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'") rows = cursor.fetchall() for row in rows: print(row.Id, row.[name-use])

CData ODBC Driver を使用してPyCharm でFHIR に接続すると、FHIR にアクセスできるPython アプリケーションを標準データベースのように構築できるようになります。このチュートリアルに関する質問、コメント、フィードバックがある場合には、support@cdata.com までご連絡ください。

FHIR からPyCharm へのデータ連携には、ぜひCData ODBC ドライバをご利用ください

このようにCData ODBC ドライバと併用することで、270を超えるSaaS、NoSQL データをコーディングなしで扱うことができます。30日の無償評価版が利用できますので、ぜひ自社で使っているクラウドサービスやNoSQL と合わせて活用してみてください。

CData ODBC ドライバは日本のユーザー向けに、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。

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30日間無償トライアルで、CData のリアルタイムデータ連携をフルにお試しいただけます。記事や製品についてのご質問があればお気軽にお問い合わせください。