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FHIR のデータをPowerShell でMySQL にレプリケーションする方法
PowerShell のシンプルなスクリプトで、FHIR のデータ をMySQL データベースにレプリケーション（複製）する方法を紹介します。
最終更新日：2023-09-26
この記事で実現できるFHIR 連携のシナリオ
こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。
CData Cmdlets for FHIR を使えば、PowerShell からFHIR のデータ データにリアルタイムで連携できます。データ同期などのタスクの連携にぴったりの製品です。 本記事では、PowerShell からCData Cmdlets for FHIR およびCData Cmdlets for MySQL を使って、同期スクリプトを作成して実行します。
まずは、PowerShell でFHIR への接続を行います。レプリケーションは4つのステップがあります。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
FHIR のデータの取得
-
モジュールのインストール:
Install-Module FHIRCmdlets -
FHIR への接続:
$fhir = Connect-FHIR -URL $URL -ConnectionType $ConnectionType -ContentType $ContentType -AuthScheme $AuthScheme -
取得ターゲットのリソースの取得:
$data = Select-FHIR -Connection $fhir -Table "Patient"Invoke-FHIR cmdlet を使って、SQL-92 クエリを使用することもできます:
$data = Invoke-FHIR -Connection $fhir -Query 'SELECT * FROM Patient WHERE [address-city] = @[address-city]' -Params @{'@[address-city]'='New York'} -
戻り値からカラム名のリストを保存します。
$columns = ($data | Get-Member -MemberType NoteProperty | Select-Object -Property Name).Name
FHIR のデータをMySQL データベースにレプリケーション
カラム名を指定できるようにして、データをMySQL データベースにレプリケーションします。
-
モジュールのインストール:
Install-Module MySQLCmdlets -
MySQL DB に、MySQL Server 名、ユーザー、パスワード、レプリケーション先のデータベース名を指定して、接続します:
$mysql = Connect-MySQL -User $User -Password $Password -Database $Database -Server $Server -Port $Port -
FHIR、保存された値、そしてAdd-MySQL Cmdlet を使って、MySQL にデータを1レコードずつ挿入します。この例では、MySQL 側のテーブルは、FHIR のリソース（Patient）と同じテーブル名を持っている必要があります。
$data | % { $row = $_ $values = @() $columns | % { $col = $_ $values += $row.$($col) } Add-MySQL -Connection $mysql -Table "Patient" -Columns $columns -Values $values }
次回以降のレプリケーションをシンプルに実現
-
一度PowerShell でFHIR とMySQL に接続したら、次からは1行のコマンドでレプリケーションを実施できます:
Select-FHIR -Connection $fhir -Table "Patient" | % { $row = $_ $values = @() $columns | % { $col = $_ $values += $row.$($col) } Add-MySQL -Connection $mysql -Table "Patient" -Columns $columns -Values $values } -
別のPowerShell モジュールで、FHIR を別のデータベースに複製する場合、Select-FHIR cmdlet のデータから、カラム、接続およびテーブルを除外しておきましょう。これらのデータはデータ移動のときだけ必要となるためです。
$columns = ($data | Get-Member -MemberType NoteProperty | Select-Object -Property Name).Name | ? {$_ -NotIn @('Columns','Connection','Table')}
おわりに
これで、FHIR のデータをMySQL に複製できました。分析、BI などでFHIR のデータをMySQL から使うことができるようになります。
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