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SFTP データをR で分析

CData JDBC Driver for SFTPで標準的なR 関数とお好みの開発環境を使って、 SFTP を分析。



Pure R スクリプトおよび 標準SQL を使って、R およびJava をインストール可能なあらゆるマシン上でSFTP にアクセス。CData JDBC Driver for SFTP とRJDBC package を使って、R でリモートSFTP data を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってSFTP にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してSFTP をビジュアライズする方法について説明します。

R をインストール

マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。

RJDBC パッケージをロード

ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。

library(RJDBC)

JDBC データソースとしてSFTP に接続

下記の情報を使いSFTP にJDBC データソースとして接続します。

  • Driver Class:cdata.jdbc.sftp.SFTPDriver に設定。
  • Classpath:Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの[lib]サブフォルダです。

dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。

driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.sftp.SFTPDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.sftp.jar", identifier.quote = "'")

これで、DBI 関数を使ってSFTP に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。

conn <- dbConnect(driver,"RemoteHost=MyFTPServer;")

FTP は、SFTP プロトコルを使用してSFTP サーバーとの間のファイル転送を行います。接続するにはRemoteHost を指定します。FTP はUser、Password、および公開鍵認証(SSHClientCert)を使用します。 SSHAuthMode を選択し、選択に基づいて接続値を指定します。

次の接続プロパティを設定し、ファイルシステムのリレーショナルビューをコントロールします。

  • RemotePath: 現在の作業ディレクトリに設定。
  • TableDepth: ビューとしてレポートするサブフォルダの深度を制御するために設定。
  • FileRetrievalDepth: ファイルを再帰的に取得し、Root テーブルにリストするために設定。
ストアドプロシージャは、ファイル、のダウンロード、アップロード、およびプロトコルコマンドの送信に利用できます。SQL を使用してサーバーと対話する方法の詳細については、ヘルプドキュメントの「データモデル」を参照してください。

スキーマ Discovery

ドライバーはSFTP API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。

dbListTables(conn)

SQL クエリの実行

dbGetQuery 関数を使ってSFTP API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます:

mydirectory <- dbGetQuery(conn,"SELECT Filesize, Filename FROM MyDirectory WHERE FilePath = /documents/doc.txt")

次のコマンドを使って、結果を[data viewer]ウィンドウで見ることができます。

View(mydirectory)

SFTP Data をプロット

CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってSFTP を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(mydirectory$Filename, main="SFTP MyDirectory", names.arg = mydirectory$Filesize, horiz=TRUE)
 
 
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