SFTP データをR で分析

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SFTP ODBC Driver

SFTP ODBC Driver で、ODBC 接続をサポートするあらゆるツール・アプリケーションからリモートファイルおよびディレクトリのデータに接続可能に。

標準ODBC Driver インターフェースでリモートデータにDB と同感覚でアクセス。



データビジュアライゼーション、ハイパフォーマンスな統計関数を使ってSFTP をMicrosoft R Open で分析。



Pure R スクリプトおよび 標準SQL を使ってSFTP にアクセス。CData ODBC Driver for SFTP とRODBC package を使って、R でリモートSFTP を利用できます。CData Driver を使うことで、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってSFTP にSQL クエリを実行する方法、およびR でSFTP をビジュアライズする方法について説明します。

R をインストール

マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープンR を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードからドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。

SFTP ODBC Data Source としてSFTP に連携

接続プロパティの指定がまだの場合は、まずODBC DSN (データソース名)で接続設定を行います。これはドライバーのインストール時に自動的に立ち上がります。Microsoft ODBC データソースアドミニストレーターを使ってODBC DSN を作成および設定できます。

FTP は、SFTP プロトコルを使用してSFTP サーバーとの間のファイル転送を行います。接続するにはRemoteHost を指定します。FTP はUser、Password、および公開鍵認証(SSHClientCert)を使用します。 SSHAuthMode を選択し、選択に基づいて接続値を指定します。

次の接続プロパティを設定し、ファイルシステムのリレーショナルビューをコントロールします。

  • RemotePath: 現在の作業ディレクトリに設定。
  • TableDepth: ビューとしてレポートするサブフォルダの深度を制御するために設定。
  • FileRetrievalDepth: ファイルを再帰的に取得し、Root テーブルにリストするために設定。
ストアドプロシージャは、ファイル、のダウンロード、アップロード、およびプロトコルコマンドの送信に利用できます。SQL を使用してサーバーと対話する方法の詳細については、ヘルプドキュメントの「データモデル」を参照してください。

RODBC パッケージをロード

ドライバーを使うにはRODBC パッケージをダウンロードします。RStudio で[Tools]>[Install Packages]をクリックし、RODBC を[Packages]ボックスに入力します。

RODBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。

library(RODBC)

ODBC データソースとしてSFTP データに連携

次のコードを使ってR のDSN に接続できます:

conn <- odbcConnect("CData SFTP Source")

スキーマ検出

ドライバーはSFTP API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデル化します。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。

sqlTables(conn)

SQL クエリの実行

sqlQuery 関数を使ってSFTP API がサポートするすべてのSQL クエリを実行します。

mydirectory <- sqlQuery(conn, "SELECT Filesize, Filename FROM MyDirectory WHERE FilePath = /documents/doc.txt", believeNRows=FALSE, rows_at_time=1)

次のコマンドを使って、結果を[data viewer]ウィンドウで見ることができます。

View(mydirectory)

SFTP データをプロット

これで、CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータビジュアライゼーションパッケージを使ってSFTP を分析できます。ビルトインのbar plot 関数を使って簡単なバーを作成できます:

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(mydirectory$Filename, main="SFTP MyDirectory", names.arg = mydirectory$Filesize, horiz=TRUE)