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CData
こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
Pure R スクリプトおよび 標準SQL を使って、R およびJava をインストール可能なあらゆるマシン上でFHIR にアクセス。CData JDBC Driver for FHIR とRJDBC package を使って、R でリモートFHIR データ を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってFHIR にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してFHIR をビジュアライズする方法について説明します。
マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。
ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RJDBC)
下記の情報を使いFHIR にJDBC データソースとして接続します。
dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。
driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.fhir.jar", identifier.quote = "'")
これで、DBI 関数を使ってFHIR に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。
conn <- dbConnect(driver,"URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;")
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
ドライバーはFHIR API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
dbListTables(conn)
dbGetQuery 関数を使ってFHIR API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます：
patient <- dbGetQuery(conn,"SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'")
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(patient)
CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってFHIR を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(patient$[name-use], main="FHIR Patient", names.arg = patient$Id, horiz=TRUE)
