ノーコードでクラウド上のデータとの連携を実現。
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FHIR ODBC Driver
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FHIR ODBC ドライバーは、ODBC 接続をサポートする任意のアプリケーションからリアルタイムなFHIR アカウントデータに直接接続できるパワフルなツールです。標準のODBC ドライバーインタフェースを使用して、データベースのようにFHIR データにアクセスし、読み、書き、更新を実行できます。
こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。
R スクリプトおよび 標準SQL を使ってFHIR にアクセス。CData ODBC Driver for FHIR とRODBC package を使って、R でリモートFHIR を利用できます。CData Driver を使うことで、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってFHIR にSQL クエリを実行する方法、およびR でFHIR をビジュアライズする方法について説明します。
CData ODBC ドライバは、以下のような特徴を持ったリアルタイムデータ連携ソリューションです。
CData ODBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.R 側でODBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。
まずは、本記事右側のサイドバーからFHIR ODBC Driver の無償トライアルをダウンロード・インストールしてください。30日間無償で、製品版の全機能が使用できます。
接続プロパティの指定がまだの場合は、まずODBC DSN （データソース名）で接続設定を行います。これはドライバーのインストール時に自動的に立ち上がります。Microsoft ODBC データソースアドミニストレーターを使ってODBC DSN を作成および設定できます。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
ドライバーを使うにはRODBC パッケージをダウンロードします。RStudio で［Tools］>［Install Packages］をクリックし、RODBC を［Packages］ボックスに入力します。
RODBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。
library(RODBC)
次のコードを使ってR のDSN に接続できます：
conn <- odbcConnect("CData FHIR Source")
ドライバーはFHIR API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデル化します。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。
sqlTables(conn)
sqlQuery 関数を使ってFHIR API がサポートするすべてのSQL クエリを実行します。
patient <- sqlQuery(conn, "SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'", believeNRows=FALSE, rows_at_time=1)
次のコマンドを使って、結果を［data viewer］ウィンドウで見ることができます。
View(patient)
これで、CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータビジュアライゼーションパッケージを使ってFHIR を分析できます。ビルトインのbar plot 関数を使って簡単なバーを作成できます：
par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2))
barplot(patient$[name-use], main="FHIR Patient", names.arg = patient$Id, horiz=TRUE)
このようにCData ODBC ドライバと併用することで、270を超えるSaaS、NoSQL データをコーディングなしで扱うことができます。30日の無償評価版が利用できますので、ぜひ自社で使っているクラウドサービスやNoSQL と合わせて活用してみてください。
CData ODBC ドライバは日本のユーザー向けに、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。
