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こんにちは!リードエンジニアの杉本です。
Embulk は、大量のデータをDB、クラウドデータストア、DWH にロードできるオープンソースETL ツールです。近頃のトレンドでは1社で複数のオンプレアプリやSaaS を使っており、データ分析にはETL ツールを使ってデータを丸ごとDB/DWH にロードしてから、分析や可視化をすることが主流になっています。Embulk にはいろいろなプラグインがあり、多様なInput とOutput 処理をサポートしています。この記事では、Embulk のJDBC Input Plugin と CData Driver for FHIR を使って、FHIR のデータを簡単にDB にロードする方法をご紹介します。この例ではロード先のDB にはMySQL を使います。
次に、EmbulkとCData JDBC Driverをつなぎこむための、JDBC Input Plugin をインストールします。以下のリンクからダウンロードできます。
https://github.com/embulk/embulk-input-jdbc/tree/master/embulk-input-jdbcインストール用のコマンドはこちら:
embulk gem install embulk-input-jdbc
今回はロード先DB としてMySQL を使います。ほかにもSQL Server、PostgreSQL、Google BigQuery などを使うことも可能です。ロードに必要な以下のプラグインをインストールしましょう。
https://github.com/embulk/embulk-output-jdbc/tree/master/embulk-output-mysqlコマンドはこちら。
embulk gem install embulk-output-mysql
in:
type: jdbc
driver_path: C:\Program Files\CData\CData JDBC Driver for FHIR 2024J\lib\cdata.jdbc.fhir.jar
driver_class: cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
url: jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
table: "Patient"
out:
type: mysql
host: localhost
database: DatabaseName
user: UserId
password: UserPassword
table: "Patient"
mode: insert
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います(OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください)。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
embulk run fhir-mysql.yml
ちなみに、上記の例ではテーブル名を直接指定しましたが、以下のようにSQL クエリを書いてもいいです。 WHERE 句で作成日や修正日を指定すれば、最新のデータだけを対象にすることも可能です。
in:
type: jdbc
driver_path: C:\Program Files\CData\CData JDBC Driver for FHIR 2019J\lib\cdata.jdbc.fhir.jar
driver_class: cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
url: jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
query: "SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [RecordId] = 1"
out:
type: mysql
host: localhost
database: DatabaseName
user: UserId
password: UserPassword
table: "Patient"
mode: insert
CData JDBC Driver for FHIR をEmbulk で使うことで、FHIR と連携して簡単にデータを取得できます。ぜひ、30日の無償評価版をお試しください。