Pentaho Report Designer にFHIR データに連携して分析

こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。

CData JDBC Driver for FHIR はダッシュボードや帳票ツールからリアルタイムFHIR データへの連携を可能にします。この記事では、FHIR をJDBC データソースとして接続する方法と、Pentaho でFHIR を元に帳票を作成する方法を説明します。

接続と帳票の作成

1. インストールディレクトリの［lib］サブフォルダ内のJAR ファイルをコピーし、Pentaho のディレクトリ内の\Report-Designer\lib\jdbc\ フォルダに配置します。
2. \Report-Designer\ フォルダのreport-designer.bat ファイルを起動し、Report-Designer UI を開きます。

3. 以下の手順でドライバーを新しいデータソースに設定します。［Data］>［Add Data Source］>［Advanced］>［JDBC (Custom)］とクリックし、新しいFHIR 接続を作成します。ダイアログが表示されたら、次のように接続プロパティを設定します。

   • Custom Connection URL property：JDBC URL を入力。初めに以下を入力し jdbc:fhir: 次にセミコロン区切りで接続プロパティを入力します。

     URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

     汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

     Service Base URL のサンプル

     • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
     • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
     • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
     • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

     汎用FHIR インスタンス

     CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

     以下は一般的なJDBC URL です：

     jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
   • Custom Driver Class Name：cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver と入力。
   • User Name：認証するユーザーネーム。
   • Password：認証するパスワード。

レポートに FHIR データを追加

これで、FHIR の帳票を作成する準備が整いました。

1. 帳票にFHIR データソースを追加します：［Data］>［Add Data Source］>［JDBC］をクリックし、データソースを選択します。

2. クエリを設定します。この記事では次を使います：

   SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'
3. 帳票にチャートをドラッグし、ダブルクリックしてチャートを編集します。帳票を実行して、チャートを表示します。このクエリ結果を使って、Patient テーブルのシンプルなチャートを作成することができます。
4. 帳票を実行して、チャートを見てみましょう。