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こんにちは!ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。
PostgreSQL には多くの対応クライアントがあります。標準のドライバーからBI、アナリティクスツールまで、PostgreSQL はデータ接続の人気のインターフェースです。JDBC ドライバーを使用することで、簡単に任意の標準クライアントから接続できるPostgreSQL エントリポイントを作成できます。
FHIR にPostgreSQL データベースとしてアクセスするには、CData JDBC Driver for FHIR とJDBC foreign data wrapper (FDW) を使用します。この記事ではFDW をコンパイルしてインストールし、PostgreSQL サーバーからFHIR にクエリを実行します。
JDBC データソースとしてFHIR に接続するには、以下が必要です。
Driver クラス
cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います(OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください)。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナを使用できます。JAR ファイルのダブルクリック、またはコマンドラインからJAR ファイルを実行します。
java -jar cdata.jdbc.fhir.jar
接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。
以下は一般的なJDBC URL です。
jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
FDW は、PostgreSQL を再コンパイルせずに、PostgreSQL の拡張機能としてインストールできます。例としてjdbc2_fdw 拡張子を使用します。
ln -s /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/libjvm.so
make install USE_PGXS=1
拡張機能をインストールした後、以下のステップに従ってFHIR へのクエリの実行を開始します。
CREATE EXTENSION jdbc2_fdw;
CREATE SERVER FHIR
FOREIGN DATA WRAPPER jdbc2_fdw OPTIONS (
drivername 'cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver',
url 'jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;',
querytimeout '15',
jarfile '/home/MyUser/CData/CData\ JDBC\ Driver\ for\ Salesforce MyDriverEdition/lib/cdata.jdbc.fhir.jar');
CREATE USER MAPPING for postgres SERVER FHIR OPTIONS (
username 'admin',
password 'test');
postgres=# CREATE FOREIGN TABLE patient (
patient_id text,
patient_Id text,
patient_[name-use] numeric)
SERVER FHIR OPTIONS (
table_name 'patient');
postgres=# SELECT * FROM patient;
このようにCData JDBC Driver for FHIR を使って簡単にFHIR データを取得して検索対象にすることができました。ぜひ、30日の無償評価版 をお試しください。