FHIR データ のPostgreSQL インターフェースを作成

こんにちは！ウェブ担当の加藤です。マーケ関連のデータ分析や整備もやっています。

PostgreSQL には多くの対応クライアントがあります。標準のドライバーからBI、アナリティクスツールまで、PostgreSQL はデータ接続の人気のインターフェースです。JDBC ドライバーを使用することで、簡単に任意の標準クライアントから接続できるPostgreSQL エントリポイントを作成できます。

FHIR にPostgreSQL データベースとしてアクセスするには、CData JDBC Driver for FHIR とJDBC foreign data wrapper (FDW) を使用します。この記事ではFDW をコンパイルしてインストールし、PostgreSQL サーバーからFHIR にクエリを実行します。

JDBC データソースとしてFHIR データに接続する

JDBC データソースとしてFHIR に接続するには、以下が必要です。

• Driver のJAR パス：JAR ファイルは、インストールディレクトリのlib サブフォルダにあります。

• Driver クラス

  cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
• JDBC URL: URL は、"jdbc:fhir:" で始まり、セミコロンで区切られた名前と値の組み合わせで任意の接続プロパティを含めることができます。

  URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

  汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

  Service Base URL のサンプル

  • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
  • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
  • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
  • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

  汎用FHIR インスタンス

  CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

  ビルトイン接続文字列デザイナ

  JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナを使用できます。JAR ファイルのダブルクリック、またはコマンドラインからJAR ファイルを実行します。

  java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

  接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

  以下は一般的なJDBC URL です。

  jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

JDBC FDW を構築する

FDW は、PostgreSQL を再コンパイルせずに、PostgreSQL の拡張機能としてインストールできます。例としてjdbc2_fdw 拡張子を使用します。

1. ご使用のバージョンのJRE 共有オブジェクトから、/usr/lib/libjvm.so にシンボリックリンクを追加します。コマンド例： ln -s /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/libjvm.so
2. ビルドするには、以下のコマンドを実行してください。 make install USE_PGXS=1

FHIR データをPostgreSQL データベースとしてクエリする

拡張機能をインストールした後、以下のステップに従ってFHIR へのクエリの実行を開始します。

1. データベースにログイン
2. データベースの拡張機能をロード CREATE EXTENSION jdbc2_fdw;
3. FHIR のオブジェクトを作成 CREATE SERVER FHIR FOREIGN DATA WRAPPER jdbc2_fdw OPTIONS ( drivername 'cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver', url 'jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;', querytimeout '15', jarfile '/home/MyUser/CData/CData\ JDBC\ Driver\ for\ Salesforce MyDriverEdition/lib/cdata.jdbc.fhir.jar');
4. PostgreSQL デーモンに認識されているユーザーのユーザー名とパスワードのユーザーマッピングを作成 CREATE USER MAPPING for postgres SERVER FHIR OPTIONS ( username 'admin', password 'test');
5. ローカルデータベースに外部テーブルを作成 postgres=# CREATE FOREIGN TABLE patient ( patient_id text, patient_Id text, patient_[name-use] numeric) SERVER FHIR OPTIONS ( table_name 'patient');

おわりに

このようにCData JDBC Driver for FHIR を使って簡単にFHIR データを取得して検索対象にすることができました。ぜひ、30日の無償評価版 をお試しください。