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CData Sync

Amazon S3 へのFHIR データのETL パイプラインを作ってデータを統合する方法

データパイプラインツールのCData Sync を使って、FHIR データのS3 へのETL パイプラインをノーコードで作成してデータを統合する方法を解説します。

宮本航太
プロダクトスペシャリスト

最終更新日:2024-01-19
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CData

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こんにちは!プロダクトスペシャリストの宮本です。

CData Sync は、数百のSaaS / DB のデータをS3 をはじめとする各種DB / データウェアハウスにノーコードで統合・レプリケーション(複製)が可能なデータパイプラインツールです。本記事では、FHIR データをCData Sync を使ってAmazon S3 に統合するデータパイプラインを作っていきます。

CData Sync とは?

CData Sync は、レポーティング、アナリティクス、機械学習、AI などで使えるよう、社内のデータを一か所に統合して管理できるデータ基盤をノーコードで構築できるETL ツールで、以下の特徴を持っています。

  1. FHIR をはじめとする数百種類のSaaS / DB データに対応
  2. Amazon S3 など多くのRDB、データレイク、データストア、データウェアハウスに同期可能
  3. 業務データのデータ分析基盤へのETL / ELT 機能に特化し、極限まで設定操作をシンプルに
  4. 主要なSaaS データの差分更新やCDC(Change Data Capture、変更データキャプチャ)のサポート
  5. フレキシブルなSQL / dbt 連携での取得データの変換

CData Sync では、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.同期先としてAmazon S3 の接続を設定、3.FHIR からAmazon S3 へのレプリケーションジョブの作成、という3つのステップだけでレプリケーション処理を作成可能です。以下に具体的な設定手順を説明します。

CData Sync を使い始める

CData Sync はフルマネージド(SaaS)型・オンプレミス型・AWS でのホスティング、と多様なホスティング環境に対応しています。各オプションで無償トライアルを提供していますので、自社のニーズにフィットするオプションを以下から選択してお試しください。

無償トライアルへ

1.データソースとしてFHIR の接続を設定

まずはじめに、CData Sync のブラウザ管理コンソールにログインします。CData Sync のインストールをまだ行っていない方は本記事の製品リンクからCData Sync をクリックして、30日の無償トライアルとしてCData Sync をインストールしてください。インストール後にCData Sync が起動して、ブラウザ設定画面が開きます。

それでは、データソース側にFHIR を設定していきましょう。左の[接続]タブをクリックします。

  1. [+接続の追加]ボタンをクリックします。 コネクションの追加。
  2. [データソース]タブを選択して、リスト表示されるデータソースを選ぶか、検索バーにデータソース名を入力して、FHIR を見つけます。
  3. FHIR の右側の[→]をクリックして、FHIR アカウントへの接続画面を開きます。もし、FHIR のコネクタがデフォルトでCData Sync にインストールされていない場合には、ダウンロードアイコン(コネクタのアップロードアイコン)をクリックし、[ダウンロード]をクリックすると、CData Sync にコネクタがインストールされます。 データソースの追加。
  4. 接続プロパティにFHIR に接続するアカウント情報を入力をします。

    URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

    汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

    Service Base URL のサンプル

    • 汎用:http://my_fhir_server/r4b/
    • Azure:https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
    • AWS:https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
    • Google:https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

    汎用FHIR インスタンス

    CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います(OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください)。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionTypeGenericに設定する必要があります。

    データソースの追加。
  5. [作成およびテスト]をクリックして、正しくFHIR に接続できているかをテストして保存します。これでレプリケーションのデータソースとしてFHIR への接続が設定されました。

2.同期先としてAmazon S3 の接続を設定

次に、FHIR データを書き込む先(=同期先)として、Amazon S3 を設定します。同じく[接続]タブを開きます。

  1. [+接続の追加]ボタンをクリックします。
  2. [同期先]タブを選択して、リスト表示されるデータソースを選ぶか、検索バーにデータソース名を入力して、Amazon S3 を見つけます。
  3. Amazon S3 の右側の[→]をクリックして、Amazon S3 データベースへの接続画面を開きます。もし、Amazon S3 のコネクタがデフォルトでCData Sync にインストールされていない場合には、ダウンロードアイコン(コネクタのアップロードアイコン)をクリックし、[ダウンロード]をクリックすると、CData Sync にコネクタがインストールされます。  Amazon S3 をDestination に選択
  4. 必要な接続プロパティを入力します。Amazon S3 に接続するには、Amazon S3 に接続するには、administraor アカウントもしくはカスタム権限のIAM ユーザーのクレデンシャルを設定します: AccessKey をkey IDに、SecretKey をsecret access key に設定します。

    Note: AWS account administrator として接続できますが、IAM user クレデンシャルでAWS サービスに接続することが推奨されます。

    IAM ユーザーのクレデンシャルの取得は以下の手順で行います:

    1. IAM コンソールにログインします。
    2. ナビゲーションペインでUsers を選択します。
    3. ユーザーのアクセスキーを作成もしくは管理するには、user を選択し、Security Credentials タブを選択します。

    AWS ルートアカウントのクレデンシャルの取得は以下の手順で行います:

    1. ルートアカウントのクレデンシャルでAWS Management コンソールにログインします。
    2. アカウント名もしくは番号でMy Security Credentials を表示されるメニューで選択します。
    3. Continue to Security Credentials をクリックして、Access Keys セクションを開いてルートアカウントaccess key を作成もしくは管理します。

  5. [作成およびテスト]をクリックして、正しく接続できているかをテストします。 同期先接続のテスト
  6. これで同期先としてAmazon S3 を設定できました。CData Sync では、Amazon S3 のデータベース名を指定するだけで、同期するFHIR に併せたテーブルスキーマを自動的にCREATE TABLE してくれます。同期データに合わせたテーブルを事前に作成するなどの面倒な手順は必要ありません。もちろん、既存テーブルにマッピングを行いデータ同期を行うことも可能です。

3.FHIR からAmazon S3 へのレプリケーションジョブの作成

CData Sync では、レプリケーションをジョブ単位で設定します。ジョブは、FHIR からAmazon S3 という単位で設定し、複数のテーブルを含むことができます。レプリケーションジョブ設定には、[ジョブ]タブに進み、[+ジョブを追加]ボタンをクリックします。 ジョブの追加Salesforce の例)。

[ジョブを追加]画面が開き、以下を入力します:

  1. 名前:ジョブの名前
  2. データソース:ドロップダウンリストから先に設定したFHIR を選択
  3. 同期先:先に設定したAmazon S3 を選択
データソースの設定Salesforce の例)。

すべてのオブジェクトをレプリケーションする場合

FHIR のすべてのオブジェクト / テーブルをレプリケーションするには、[種類]セクションで[すべて同期]を選択して、[ジョブを追加]ボタンで確定します。

作成したジョブ画面で、右上の[▷実行]ボタンをクリックするだけで、全FHIR テーブルのAmazon S3 への同期を行うことができます。

オブジェクトを選択してレプリケーションする場合

FHIR から特定のオブジェクト / テーブルを選択してレプリケーションを行うことが可能です。[種類]セクションでは、[標準(個別設定)]を選んでください。

次に[ジョブ]画面で、[タスク]タブをクリックし、[タスクを追加]ボタンをクリックします。 ジョブへのタスク追加Salesforce の例)。

するとCData Sync で利用可能なオブジェクト / テーブルのリストが表示されるので、レプリケーションを行うオブジェクトにチェックを付けます(複数選択可)。[ジョブを追加]ボタンで確定します。

タスク選択(Salesforce の例)。

作成したジョブ画面で、[▷実行]ボタンをクリックして(もしくは各タスク毎の実行ボタンを押して)、レプリケーションジョブを実行します。 作成したジョブの実行(Salesforce の例)。

このようにとても簡単にFHIR からAmazon S3 への同期を行うことができました。

CData Sync の主要な機能を試してみる:スケジューリング・差分更新・ETL

ジョブのスケジュール起動設定

CData Sync では、同期ジョブを1日に1回や15分に1回などのスケジュール起動をすることができます。ジョブ画面の[概要]タブから[スケジュール]パネルを選び、[⚙設定]ボタンをクリックします。[間隔]と同期時間の[毎時何分]を設定し、[保存]を押して設定を完了します。これでCData Sync が同期ジョブをスケジュール実行してくれます。ユーザーはダッシュボードで同期ジョブの状態をチェックするだけです。 スケジュール実行設定。

差分更新

CData Sync では、主要なデータソースでは、差分更新が可能です。差分更新では、最後のジョブ実行時からデータソース側でデータの追加・変更があったデータだけを同期するので、レプリケーションのクエリ・通信のコストを圧倒的に抑えることが可能です。

差分更新を有効化するには、ジョブの[概要]タブから「差分更新」パネルを選び、[⚙設定]ボタンをクリックします。[開始日]と[レプリケーション間隔]を設定して、[保存]します。

SQL での取得データのカスタマイズ

CData Sync は、デフォルトではFHIR のオブジェクト / テーブルをそのままAmazon S3 に複製しますが、ここにSQL、またはdbt 連携でのETL 処理を組み込むことができます。テーブルカラムが多すぎる場合や、データ管理の観点から一部のカラムだけをレプリケーションしたり、さらにデータの絞り込み(フィルタリング)をしたデータだけをレプリケーションすることが可能です。

ジョブの[概要]タブ、[タスク]タブへと進みます。選択されたタスク(テーブル)の[▶]の左側のメニューをクリックし、[編集]を選びます。タスクの編集画面が開きます。

UI からカラムを選択する場合には、[カラム]タブから[マッピング編集]をクリックします。レプリケーションで使用しないカラムからチェックを外します。

SQL を記述して、フィルタリングなどのカスタマイズを行うには、[クエリ]タブをクリックし、REPLICATE [テーブル名]の後に標準SQL でフィルタリングを行います。 レプリケーションのカスタマイズ設定。

FHIR からAmazon S3 へのデータ同期には、ぜひCData Sync をご利用ください

このようにノーコードで簡単にFHIR データをAmazon S3 にレプリケーションできます。データ分析、AI やノーコードツールからのデータ利用などさまざまな用途でCData Sync をご利用いただけます。30日の無償トライアルで、シンプルでパワフルなデータパイプラインを体感してください。

日本のユーザー向けにCData Sync は、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。

CData Sync の 導入事例を併せてご覧ください。

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30日間無償トライアルで、CData のリアルタイムデータ連携をフルにお試しいただけます。記事や製品についてのご質問があればお気軽にお問い合わせください。