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MongoDB Data をR で分析

CData JDBC Driver for MongoDBで標準的なR 関数とお好みの開発環境を使って、 MongoDB data を分析。



Pure R スクリプトおよび 標準SQL を使って、R およびJava をインストール可能なあらゆるマシン上でMongoDB data にアクセス。CData JDBC Driver for MongoDB とRJDBC package を使って、R でリモートMongoDB data を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってMongoDB にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してMongoDB data をビジュアライズする方法について説明します。

R をインストール

マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。

RJDBC パッケージをロード

ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。

library(RJDBC)

JDBC データソースとしてMongoDB に接続

下記の情報を使いMongoDB にJDBC データソースとして接続します。

  • Driver Class:cdata.jdbc.mongodb.MongoDBDriver に設定。
  • Classpath:Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの[lib]サブフォルダです。

dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。

driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.mongodb.MongoDBDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.mongodb.jar", identifier.quote = "'")

これで、DBI 関数を使ってMongoDB に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。

conn <- dbConnect(driver,"Server=MyServer;Port=27017;Database=test;User=test;Password=Password;")

Set the Server, Database, User, and Password connection properties to connect to MongoDB. To access MongoDB collections as tables you can use automatic schema discovery or write your own schema definitions. Schemas are defined in .rsd files, which have a simple format. You can also execute free-form queries that are not tied to the schema.

スキーマ Discovery

ドライバーはMongoDB API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。

dbListTables(conn)

SQL クエリの実行

dbGetQuery 関数を使ってMongoDB API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます:

restaurants <- dbGetQuery(conn,"SELECT borough, cuisine FROM restaurants")

次のコマンドを使って、結果を[data viewer]ウィンドウで見ることができます。

View(restaurants)

MongoDB Data をプロット

CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってMongoDB data を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(restaurants$cuisine, main="MongoDB restaurants", names.arg = restaurants$borough, horiz=TRUE)
 
 
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