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MongoDB データをR で分析

CData JDBC Driver for MongoDBで標準的なR 関数とお好みの開発環境を使って、 MongoDB を分析。



Pure R スクリプトおよび 標準SQL を使って、R およびJava をインストール可能なあらゆるマシン上でMongoDB にアクセス。CData JDBC Driver for MongoDB とRJDBC package を使って、R でリモートMongoDB data を利用できます。CData Driver を使うことで、業界が認めた基準で書かれたドライバーを活用して、オープンソースでポピュラーなR 言語のデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってMongoDB にSQL クエリを実行する方法、および標準R 関数を呼び出してMongoDB をビジュアライズする方法について説明します。

R をインストール

マルチスレッドのMicrosoft R Open を実行すること、またはBLAS/LAPACK ライブラリにリンクされたオープン R を実行することによって、マルチスレッドおよびマネージドコードから利益を得られたドライバーのパフォーマンスにマッチできます。ここでは、Microsoft R Open 3.2.3 を使用します。CRAN レポジトリのJan. 1, 2016 snapshot からパッケージをインストールするために事前設定されています。このsnapshot は再現性を保証します。

RJDBC パッケージをロード

ドライバーを使うにはRJDBC パッケージをダウンロードします。RJDBC パッケージをインストールしたら、次のコードを入力してパッケージをロードします。

library(RJDBC)

JDBC データソースとしてMongoDB に接続

下記の情報を使いMongoDB にJDBC データソースとして接続します。

  • Driver Class:cdata.jdbc.mongodb.MongoDBDriver に設定。
  • Classpath:Driver JAR の場所を設定します。デフォルトではインストールディレクトリの[lib]サブフォルダです。

dbConnect やdbSendQuery のようなDBI 関数は、R にデータアクセスコードを書くための統一インターフェースを提供します。

driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.mongodb.MongoDBDriver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.mongodb.jar", identifier.quote = "'")

これで、DBI 関数を使ってMongoDB に接続しSQL クエリを実行する準備が整いました。dbConnect 関数を使ってJDBC 接続を初期化します。一般的なJDBC 接続文字列は次のとおりです。

conn <- dbConnect(driver,"Server=MyServer;Port=27017;Database=test;User=test;Password=Password;")

MongoDB への接続には、Server、Database、User、Password プロパティを設定します。MongoDB コレクションにテーブルとしてアクセスするには、自動スキーマ検出を使用することができます。もちろんスキーマ定義の.rsd ファイルを編集して自分でスキーマ定義を書くことも可能です。スキーマに縛られないフリーフォーマットクエリを投げることもできます。

スキーマ Discovery

ドライバーはMongoDB API をリレーショナルデータベース、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデルします。次のコードを使ってテーブルリストを検出します。

dbListTables(conn)

SQL クエリの実行

dbGetQuery 関数を使ってMongoDB API がサポートするすべてのSQL クエリを実行できます:

restaurants <- dbGetQuery(conn,"SELECT borough, cuisine FROM restaurants")

次のコマンドを使って、結果を[data viewer]ウィンドウで見ることができます。

View(restaurants)

MongoDB Data をプロット

CRAN レポジトリで利用可能なあらゆるデータ初期化パッケージを使ってMongoDB を分析する準備が整いました。ビルトインバーのplot 関数を使って簡単なバーを作成できます。

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2)) barplot(restaurants$cuisine, main="MongoDB restaurants", names.arg = restaurants$borough, horiz=TRUE)
 
 
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